Ad.1.
Podzial nie ma znaczenia - mozesz miec wszystko na jednym dysku i tez bedzie ok. Ja bym zrobil tak, ze na glownym dysku primary master postawilbym oba systemy a drugi dysk zostawil na dane i na nim trzymal wszystko co sie da.
Ad. 2.
Najpierw instalujesz windows xp, pozniej linuxa - inaczej windows zamaze boot-sector i linux sie nie bedzie odpalal (zamaze boot-loader ktory umozliwia start linuxa). Jesli instalujesz na roznych dyskach to ja bym na primary-master zainstalowal windows a na primary-slave linuxa i boot-loader linuxowy w MBR dysku primary-maser
Ad. 3.
W momencie startu kompa z pierwszego dysku (primary-master) ladowany jest boot-sector - albo z MBR (master boot record) albo z pierwszego sektora partycji oznaczonej jako aktywna. Tam bedzie GRUB (polecam) albo LILO (nieco mniej elastyczne rozwiazanie) i wtedy wybierasz co odpalic.
Ad. 4.
Linux bedzie widzial dysk z Windows niezaleznie od tego czy to bedzie Fat32 czy tez NTFS. Ubuntu od wersji 7.10 (najnowsza) ma rowniez mozliwosc zapisu na dyskach NTFS (jako root oraz jako user po dobrej konfiguracji uprawnien). Starsze wersje maja NTFS tylko do odczytu. FAT32 zapis/odczyt (jako root i jako user po konfiguracji uprawnien).
Ja mam oba systemy na jednym dysku w obu laptopach - nie mam z tym problemow i nigdy nie mialem. Ogolnie korzystam z takiej konfiguracji od hmmmm... 1995 roku z 3-letnia przerwa gdzie mialem tylko Linuxa - pozniej zachcialo mi sie w akademiku pograc z kolegami w Unreal'a i tak wrocil do mnie Windows :P