Modyfikacja pen-drive to trudna sprawa. Niektore modele dalo sie "przerobic" aby byly U3 ale generalnie warto zainwestowac w U3 i miec z glowy :P
Wtedy totalnie na legalu ustawiasz aplikacje na automatyczny start i po sprawie. Napisalem sobie kod w perlu ktory wyciagal klucze z rejestru i zapisywal na pen'a w ukrytym pliku... skompilowalem do .exe tak aby nie pokazywal okna konsoli, wstawilem w U3 na autostart... odpialem U3, wsadzilem jeszcze raz, odlaczylem, sprawdzilem pod linuxem i plik byl tam gdzie mial byc
BTW. U3 ma 1 partycje ktora udaje CD-ROM ale dane i aplikacje sa na drugiej, ktora ten vir moze zapisywac. Jedyne co mozesz w ten sposob osiagnac to auto-run.