pytanie zasadnicze, czy pliki bazy przekrocza kiedys laczna wage 8/16mb (w zaleznosci od ustawien php), jesli tak to wrzucanie calych plikow do pamieci skonczy sie przykrym komunikatem.
najlepiej fgets()em zczytywac po linijce i znaleziska wpychac do tablicy na koniec porownac i unikatowe wyswietlic..

jesli jednak pliki sa male mozesz zrobic
$a = file('1baza.txt');
$b = file('2baza.txt');
$c = file('2baza.txt');
$baza = array_merge($a, $b, $c);